Bereits zur Jungsteinzeit (ca. 9.000 bis 3.300 v. Chr.) war Niendorf besiedelt. Davon zeugen noch heute zwei Großsteingräber mit Dolmen, die unter dem Turm des Schlosses gut erhalten sind. Im 13. Jahrhundert haben dann nach der Völkerwanderung und der teilweisen Besiedelung durch slawische Stämme, deutsche Siedler den Ort „Nypendorp“ gegründet.
Schloss Hohen Niendorf war zur Zeit des 30-jährigen Krieges (1618 – 1648) Herrensitz der Familie von Bülow. In den nächsten Jahrhunderten wechselten die Ländereine häufig die Besitzer, bis schließlich 1864 Friedrich Bobsien auf dem Anwesen ein Herrenhaus errichtete. 1866 legte der aus Rostock stammende Gartenarchitekt Wilken hier einen Landschaftspark an.
Um 1900 kaufte der Landrat Helmut von Oertzen-Roggow Schloss Niendorf für seine Tochter Eleonore – als Mitgift für ihre Hochzeit mit dem Grafen von Wilamowitz-Moellendorff. Er baute es 1912 in ein Jagdschloss um, kümmerte sich um den Erhalt der Großsteingräber und schuf eine Gehölzsammlung im Park.
Hohen Niendorf war im September 1945 das erste Landgut, das von der Bodenreform erfasst wurde. Die Grafen-Familie wurde vertrieben, das Gut parzelliert. Nach dem Ende des 2. Weltkrieges wurde damit erstmals ein Gut der sowjetischen Besatzungszone getreu dem Motto „Junkerland in Bauernhand“ aufgeteilt.
Ende der 60er Jahre wurde das Schloss zur Gewerkschaftsschule für den damaligen Bezirk Rostock umgebaut.
Der Kühlungsborner Architekt Nicolaus Wöhlk hat das Schloss nach jahrelangem Leerstand im Jahr 2007 ersteigert und das schöne Gebäude vor dem Verfall gerettet. Nach aufwendiger Renovierung und Umgestaltung in 21 hochwertige Ferienwohnungen wurde das Schloss 2010 fertiggestellt.
Heute genießt das Schloss mit seinem einzigartigem Park Denkmalschutz.